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fluorescent_proteins

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kthorn
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kthorn
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 ==== Table of Fluorescent Proteins ==== ==== Table of Fluorescent Proteins ====
 +
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 === Blue/UV Proteins === === Blue/UV Proteins ===
Line 5: Line 7:
 ^ Protein ^ λ<​sub>​ex</​sub>​ ^ λ<​sub>​em</​sub>​ ^ Extinction coeff. ^ QY ^ Brightness ^ Aggregation ^ pKa ^ Source ^ Notes ^ ^ Protein ^ λ<​sub>​ex</​sub>​ ^ λ<​sub>​em</​sub>​ ^ Extinction coeff. ^ QY ^ Brightness ^ Aggregation ^ pKa ^ Source ^ Notes ^
 | TagBFP |  402  |  457  |  52000  |  0.63  |  32.8  | Monomer |  2.7  | [[http://​www.evrogen.com|Evrogen]]| aka mTagBFP; from [27] | | TagBFP |  402  |  457  |  52000  |  0.63  |  32.8  | Monomer |  2.7  | [[http://​www.evrogen.com|Evrogen]]| aka mTagBFP; from [27] |
 +| mTagBFP2 |  399  |  454  |  50600  |  0.64  |  32.4  | Monomer | 2.7 | [48] | |
 | Azurite |  383  |  450  |  26200  |  0.55  |  14.4  | Monomer |  5.0  | [28] | | | Azurite |  383  |  450  |  26200  |  0.55  |  14.4  | Monomer |  5.0  | [28] | |
 | EBFP2 |  383  |  448  |  32000  |  0.56  |  18  | Monomer |  5.3  | [29] | | | EBFP2 |  383  |  448  |  32000  |  0.56  |  18  | Monomer |  5.3  | [29] | |
Line 19: Line 22:
 | SCFP3A |  433  |  474  |  30000  |  0.56  |  16.8  | Monomer |  <​4.5 ​ | [39] | improved Cerulean | | SCFP3A |  433  |  474  |  30000  |  0.56  |  16.8  | Monomer |  <​4.5 ​ | [39] | improved Cerulean |
 | mTurquoise |  434  |  474  |  30000  |  0.84  |  25.2  | Monomer | | [36] | improved SCFP3A | | mTurquoise |  434  |  474  |  30000  |  0.84  |  25.2  | Monomer | | [36] | improved SCFP3A |
 +| mTurquoise2 |  434  |  474  |  30000  |  0.93  |  27.9  | Monomer | 3.1 | [47] | |
 | monomeric Midoriishi-Cyan |  470  |  496  |  22150  |  0.7  |  15.5  | Monomer |  7.0  | [[http://​www.mblintl.com|MBL International]] | from [14] | | monomeric Midoriishi-Cyan |  470  |  496  |  22150  |  0.7  |  15.5  | Monomer |  7.0  | [[http://​www.mblintl.com|MBL International]] | from [14] |
 | TagCFP |  458  |  480  |  37000  |  0.57  |  21.0  | Monomer |  4.7 | [[http://​www.evrogen.com|Evrogen]] | | TagCFP |  458  |  480  |  37000  |  0.57  |  21.0  | Monomer |  4.7 | [[http://​www.evrogen.com|Evrogen]] |
Line 34: Line 38:
 | mUKG |  483  |  499  |  60000  |  0.72  |  43.2  | Monomer |  5.2  | [26] | | | mUKG |  483  |  499  |  60000  |  0.72  |  43.2  | Monomer |  5.2  | [26] | |
 | mWasabi |  493  |  509  |  70000  |  0.80  |  56.0  | Monomer |  6.0  | [[http://​www.allelebiotech.com|Allele Biotech]] | | | mWasabi |  493  |  509  |  70000  |  0.80  |  56.0  | Monomer |  6.0  | [[http://​www.allelebiotech.com|Allele Biotech]] | |
 +| Clover |   ​505 ​ |  515  |  111000 ​ |  0.76  |  84.4  | Monomer |  6.1  | [46] | |
 +| mNeonGreen |  506  |  517  |  116000 ​ |  0.80  |  92.8  | Monomer |  5.7  | [49] |[[http://​www.allelebiotech.com/​mneongreen/​|Allele Biotech]] |
  
  
Line 65: Line 71:
 | mApple |  568  |  592  |  75000  |  0.49  |  36.7  | Monomer |  6.5  | [33] | | | mApple |  568  |  592  |  75000  |  0.49  |  36.7  | Monomer |  6.5  | [33] | |
 | mRuby |  558  |  605  |  112000 ​ |  0.35  |  39.2  | Monomer |  4.4  | [35] | | | mRuby |  558  |  605  |  112000 ​ |  0.35  |  39.2  | Monomer |  4.4  | [35] | |
 +| mRuby2 |  559  |  600  |  113000 ​ |  0.38  |  43  | Monomer |  5.3  | [46] | |
  
 === Far-Red Proteins === === Far-Red Proteins ===
Line 85: Line 92:
 | LSS-mKate1 |  463  |  624  |  31200  |  0.08  |  2.5  | Monomer |  3.2  | [32] | | | LSS-mKate1 |  463  |  624  |  31200  |  0.08  |  2.5  | Monomer |  3.2  | [32] | |
 | LSS-mKate2 |  460  |  605  |  26000  |  0.17  |  4.4  | Monomer |  2.7  | [32] | | | LSS-mKate2 |  460  |  605  |  26000  |  0.17  |  4.4  | Monomer |  2.7  | [32] | |
 +| mBeRFP |  446  |  611  |  65000  |  0.27  |  17.6  | Monomer |  5.6  | [50] | |
  
  
Line 103: Line 111:
 | mEos2 (green) |  506  |  519  |  56000  |  0.84  |  47.0  | Monomer |  5.6  | [42] | | | mEos2 (green) |  506  |  519  |  56000  |  0.84  |  47.0  | Monomer |  5.6  | [42] | |
 | mEos2 (red) |  573  |  584  |  46000  |  0.66  |  30.4  | Monomer |  6.4  | [42] | After photoconversion | | mEos2 (red) |  573  |  584  |  46000  |  0.66  |  30.4  | Monomer |  6.4  | [42] | After photoconversion |
 +| mEos3.2 (green) |  507  |  516  |  63400  |  0.70  |  53  | Monomer |  5.4  | [45] | Better folding, more monomeric than mEos2 |
 +| mEos3.2 (red) |  572  |  580  |  32200  |  0.55  |  18  | Monomer |  5.8  | [45] | After photoconversion |
 | PSmOrange |  548  |  565  |  113300 ​ |  0.51  |  57.8  | Monomer |  6.2  | [44] | Before photoconversion | | PSmOrange |  548  |  565  |  113300 ​ |  0.51  |  57.8  | Monomer |  6.2  | [44] | Before photoconversion |
 | PSmOrange |  634  |  662  |  32700  |  0.28  |  9.2  | Monomer |  5.6  | [44] | After photoconversion | | PSmOrange |  634  |  662  |  32700  |  0.28  |  9.2  | Monomer |  5.6  | [44] | After photoconversion |
Line 204: Line 214:
  
 44. Subach, OM. et al., A photoswitchable orange-to-far-red fluorescent protein, PSmOrange. ​ Nat. Meth. 2011, 8: p. 771-777. 44. Subach, OM. et al., A photoswitchable orange-to-far-red fluorescent protein, PSmOrange. ​ Nat. Meth. 2011, 8: p. 771-777.
 +
 +45. Zhang, M. et al., Rational design of true monomeric and bright photoactivatable fluorescent proteins. Nat. Meth. 2012, 9: p. 727-729.
 +
 +46. Lam, AJ. et al., Improving FRET dynamic range with bright green and red fluorescent proteins. Nat Meth. 2012 Sep 9. doi: 10.1038/​nmeth.2171.
 +
 +47. Goedhart, J. et al., Structure-guided evolution of cyan fluorescent proteins towards a quantum yield of 93%. Nat Commun. 2012 Mar 20;3:751. doi: 10.1038/​ncomms1738.
 +
 +48. Subach, OM. et al, An enhanced monomeric blue fluorescent protein with the high chemical stability of the chromophore. PLoS One. 2011;​6(12):​e28674. ​
 +
 +49. Shaner, NC. et al, A bright monomeric green fluorescent protein derived from Branchiostoma lanceolatum. Nat. Meth. 2013 Mar 24.  doi: 10.1038/​nmeth.2413
 +
 +50. Yang, J. et al, mBeRFP, an Improved Large Stokes Shift Red  Fluorescent Protein. PLOS One 2013; 8(6):e64849 doi: 10.1371/​journal.pone.0064849
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